报关作业流程如下：
一、前置作业：
1. 与相关厂商採购单位或麵粉公会人员取得货物进口日期及数量。
2. 与船公司或船务代理公司取得船隻进出港日期等资料。
3. 通知业者备妥报关文件及其他相关资料。
4. 联繫装卸公司或仓储业者準备相关配合作业。
二、整理报关文件：
1. 取得报关资料后审核文件是否齐全。
2. 归列其税则号别(C.C.C.CODE)及税率。
3. 与关税局、检疫局、商品标準检验局人员商讨有关进口货品之相关规定及限制。
4. 告知业者缴纳关税、装卸费等明细。
三、通关：
1. 使用电脑网路(E.D.I)键入资料与关税局连线，利用电脑作业由关税局回覆通关作业情形之讯息，直至放行提货。
2. 会同农委会动植物检疫局及商品标準检验局人员，至船舱内检视货品并取样检验，依国家检验标準(CNS)或其他相关规定，取得检疫、检验合格证书，货品方可通关放行。
全联报关公司拥有铁路承揽公司证照，及公路运输公司牌照，足以充分配合业者运送货物所需。
其放行提货流程如下：
1、码头现场工作人员将放行资料送达装卸或仓储公司，研讨出仓事宜。
2、联繫业者出仓时间、车辆(火车或卡车)及数量，随时与业者收货人员充分沟通，联繫掌握码头出仓及业者货物进厂情形，以达到货畅其流为宜。
3、提供业者关税局、港务局、标準检验局、码头装卸及其他进出口货物相关资讯。
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